このサイトチェックしてください。もしかしたら改善できるかも・・・・

http://www.nero-8.com/movie/fp310_full.html

http://flash.flowplayer.org/plugins/javascript/ipad.html

http://blog.scimpr.com/2012/09/24/rails3で動画配信を試用～flowplayer/

http://d.hatena.ne.jp/nyanonon/20120914

順不同だけど、参考になるのでは・・・・　ｉＰａｄやｉＰｈｏｎｅ用のプラグインも紹介されています

自分なりにいろいろ試してみたけど・・・・
動画自体のアスペクト比は維持されたけど、プレイヤー自体の大きさがおかしくなった。
何がおかしいのかさっぱり・・・・・・